In Japan müssen auch ausländische Arbeitnehmer Steuern bezahlen. Dabei handelt es sich um die National Income Tax (Einkommenssteuer) und die Municipal and Prefectural Tax (Gemeindesteuer).

Das japanische Steuergesetz teilt ausländische Staatsbürger in drei verschiedene Kategorien ein:

• Non-Resident (Aufenthalt von weniger als einem Jahr): Das gesamte Einkommen japanischen Ursprungs muss versteuert werden.
• Non-Permanent Resident (Aufenthalte von bis zu 60 Monaten): Das gesamte Einkommen japanischen Ursprungs muss versteuert werden. Das Einkommen ausländischen Ursprungs, das in Japan ausbezahlt oder nach Japan überwiesen wurde, ist ebenfalls steuerpflichtig.
• Permanent Resident (Daueraufenthaltsbewilligung): Das gesamte Einkommen aus japanischen und ausländischen Quellen ist steuerpflichtig.

Steuern werden in Japan in der Regel direkt vom Lohn abgezogen. Bei der jährlichen Steuererklärung im Mai können Kosten für Unterhaltsbeiträge, Sozialversicherungen und Arztkosten geltend gemacht werden.

Wer länger als ein Jahr in Japan leben will, muss sich obligatorisch eine Krankenversicherung zulegen. Als Arbeitnehmer ist man meist durch eine Employee Health Insurance (bei Firmen mit mehr als fünf Angestellten) gedeckt. Die Prämien betragen 4,1 Prozent des jeweiligen Gehalts. 10-30 Prozent der Behandlungskosten sind Selbstkostenbeitrag. Lohnfortzahlung im Krankheitsfall gibt es nicht.

Durch die Workers Compensation Insurance sind Arbeitnehmer automatisch gegen Unfälle versichert.

Die Arbeitslosenversicherung findet über den Arbeitgeber statt, der auch für die Prämien aufzukommen hat.